Valdés alegó, como director del Servicio Jurídico, que el secreto de Estado prevalecía sobre la investigación del GAL.
El catedrático Fernando Valdés, candidato al Tribunal Constitucional a propuesta del PSOE, defendió en un informe del Servicio Jurídico del Estado, del que fue director entre 1986 y 1990, que el secreto de Estado tiene un carácter absoluto que prevalece incluso por encima de la investigación judicial de los delitos. Este criterio, contradicho a la postre por el Supremo, fue mantenido por Valdés en el tenso conflicto que enfrentó a Baltasar Garzón con el Ministerio del Interior cuando el entonces juez reclamó los datos sobre los fondos reservados entregados al ex policía Amedo.
«El legislador penal y procesal ha colocado a los secretos de Estado por encima de la investigación y la represión de los delitos, por lo que le está negada al juez toda la potestad para comprobar directamente si la invocación es o no abusiva: tampoco puede aquí obligar a violar los secretos sólo para comprobar que no ha habido abuso en su invocación». El párrafo fue un argumento central del informe de la Dirección General del Servicio Jurídico del Estado en el que se apoyó el Ministerio socialista del Interior para negar en 1988 al entonces titular del Juzgado Central de Instrucción número 5, Baltasar Garzón, la información que éste reclamaba con el fin de averiguar si los atentados de los GAL se financiaron con fondos reservados.
El director general del Servicio Jurídico del Estado era en aquel momento Fernando Valdés, propuesto ayer por el PSOE para ser nombrado por el Congreso magistrado del Tribunal Constitucional.
El dictamen del Servicio Jurídico del Estado fue la base que utilizaron tanto el ex ministro del Interior José Barrionuevo como sus sucesores y subordinados para negarse a proporcionar cualquier tipo de información al juez instructor sobre el uso de los fondos reservados.
Fue un durísimo enfrentamiento entre el Poder Judicial y el Ejecutivo, que tres años después acabó con la condena a 108 años de prisión de los dos policías investigados, José Amedo y Michel Domínguez. La cúpula de Interior, con Barrionuevo a la cabeza, sería condenada en julio de 1998 por otro crimen de los GAL, el secuestro de Segundo Marey. El Tribunal Supremo, en contra de la tesis que mantuvo el Servicio Jurídico del Estado, sentó la doctrina de que ningún secreto oficial puede amparar la comisión de delitos.
Garzón supo el 23 de mayo de 1988, durante la declaración del director general de la Policía, José María Rodríguez Colorado, que un viaje de Amedo y Domínguez a Portugal fue financiado con fondos reservados. Durante ese viaje (febrero de 1986) los ex policías contrataron a los mercenarios portugueses que llevaron a cabo los atentados de los GAL en los bares Batzoki, de Bayona, y Consolation, en San Juan de Luz, en los que resultaron heridas seis personas.
A lo largo de mayo y junio de 1988 Garzón formuló insistentes peticiones de información sobre los fondos reservados entregados a Amedo y su justificación documental. El 7 de julio, el Ministerio del Interior remitió al juez un informe de la Dirección General del Servicio Jurídico del Estado que sostenía que los responsables de Interior estaban obligados a guardar silencio sobre los fondos reservados.
El Servicio Jurídico del Estado, dirigido por Fernando Valdés, señalaba que los fondos reservados tenían el carácter de «secretos oficiales» al estar legalmente clasificados. Añadía que los secretos oficiales «no podrán ser comunicados» y el incumplimiento de esa prohibición era motivo de sanción penal y disciplinaria.
Según el informe, esa regulación era igualmente aplicable a los jueces y tribunales porque la publicidad de los asuntos judiciales «es absolutamente incompatible con el secreto amparado por la ley».
Por ello, señalaba, «no existe en este caso resistencia ni negativa a declarar, sino cumplimiento estricto de un deber legal».
También argumentaba que la ley de secretos oficiales establecía que la declaración de materia clasificada no afectará únicamente al Parlamento, «que tendrá siempre acceso a cuanta información reclame (...) en sesiones secretas». «Pero en estas excepciones no se incluyen los procesos judiciales, ni aun los de tipo penal». «La potestad judicial queda detenida por la invocación del secreto», sostenía.
A la vista de ese informe, Garzón elevó una exposición a la Sección Penal Tercera de la Audiencia Nacional sobre la necesidad de investigar si los GAL se habían financiado con fondos reservados. En ese documento, el instructor incluyó su famoso gráfico sobre la X de los GAL.
